Międzygalaktyczna łowczyni nagród Samus Aran otrzymuje sygnał alarmowy z rozbitej fregaty na orbicie planety Tallon IV. Po dokładnym zbadaniu fregata okazuje się statkiem badawczym piratów. Na jego pokładzie odbywają się przerażające eksperymenty genetyczne z wykorzystaniem tajemniczej substancji Phazon. Tam też Samus spotyka swojego wroga, Meta Ridley, za którym podąża na powierzchnię Tallon IV. Jej zadaniem będzie eksploracja planety, odkrycie jej mrocznych sekretów i opanowanie międzygalaktycznego zagrożenia, jakim jest Phazon.